Le pape Clément VIII joua un rôle non négligeable dans l'affermissement de l'autorité d'Henri IV à l'issue des guerres de Religion. On pourrait même affirmer que le roi ne trouva guère de meilleur allié à sa politique d'apaisement. Clément VIII, sans rien exiger, attendait en retour quelque témoignage de reconnaissance. Après avoir accepté, non sans déchirement, de fermer les yeux sur l'édit de Nantes, le pape facilita l'annulation du mariage avec Marguerite de Valois. Il dut même renoncer à obtenir les deux concessions qu'il demandait le plus instamment : la publication du concile de Trente et le rappel des jésuites. Les conditions qu'y posa le roi lui parurent inacceptables. Henri IV sut néanmoins préserver ses liens privilégiés avec Clément VIII. La conférence de Fontainebleau, premier face à face interconfessionnel après l'édit de pacification, lui en donna l'occasion. A l'issue de la rencontre, dégagé de toute pression romaine, le roi donna la victoire au théologien catholique. Le pape aurait souhaité un acte de plus d'éclat, mais fut visiblement conscient que par son engagement prudent, Henri IV ouvrait la voie au triomphe de la Réforme catholique en France, et c'était là l'objectif poursuivi par le Saint-Siège depuis la clôture du concile de Trente.